Pio atyának, mint lelki vezetőnek öt szabálya volt a lelki növekedésre:

- heti gyónás,

- napi áldozás,

- lelki olvasmány,

- elmélkedés és

- lelkiismeret vizsgálat.



A heti gyónást a szoba heti leporolásához hasonlította és az elmélkedés és lelkiismeret vizsgálat gyakorlását ajánlotta napi kétszer: először reggel, a napra való felkészülésként, másodszor pedig este, a napra való visszatekintésként.

A teológia gyakorlati alkalmazását gyakran úgy összegezte mára híressé vált gondolatában, hogy: 

„Imádkozz, remélj, és ne aggodalmaskodj”

Rá akarta vezetni a keresztényeket, hogy Istent ismerjék fel mindenben és mindenekelőtt Isten akaratát kívánják teljesíteni.